Beberapa faktor dapat menyebabkan kontaminasi di ruang bersih. Praktik pemakaian yang buruk, seperti memakai atau melepas APD yang salah, dapat mendatangkan partikel di lingkungan terkendali. Kontaminasi di udara, termasuk debu, mikroba, dan sel kulit, memiliki risiko besar terhadap integritas produk. Masalah integritas produk, seperti sobek, tertusuk, dan ukuran tidak pas, juga dapat menyebabkan kontaminasi. Selain itu, penanganan material yang tidak tepat dan permukaan yang tak terlindungi dapat mendatangkan partikulat yang membahayakan standar ruang bersih.