Kontaminasyon kontrolü, temiz oda bütünlüğünü korumak için partikülleri, mikropları ve diğer kirleticileri en aza indirmeyi içerir. Bu, mikroskobik kirleticilerin bile ürün kalitesini ve mevzuata uygunluğu tehlikeye atabileceği sektörlerde çok önemlidir. Uygun kontaminasyon kontrolü, temiz odayla uyumlu KKD'lerin kullanılmasını, sıkı önlük giyme prosedürlerine uyulmasını ve kontrollü bir ortam sağlamak için hijyen protokollerinin sürdürülmesini gerektirir.