Puhdastilojen kontaminaatiota voivat aiheuttaa useat tekijät. Huonot pukukäytännöt, kuten henkilönsuojainten virheellinen pukeminen tai riisuminen, voivat tuoda hiukkasia valvottuihin ympäristöihin. Ilmassa olevat epäpuhtaudet, kuten pöly, mikrobit ja ihosolut, muodostavat merkittävän riskin tuotteen eheydelle. Henkilönsuojainten eheysongelmat, kuten repeämät, reiät tai virheellinen istuvuus, voivat myös johtaa kontaminaatioon. Lisäksi materiaalien epäasianmukainen käsittely ja suojaamattomat pinnat voivat aiheuttaa hiukkasia, jotka vaarantavat puhdastilavaatimukset.