Verschillende factoren kunnen bijdragen aan vervuiling in cleanrooms. Door slechte manieren van kleden, zoals het onjuist aan- en uittrekken van persoonlijke beschermingsmiddelen, kunnen er deeltjes in gecontroleerde omgevingen terechtkomen. In de lucht zwevende verontreinigingen, waaronder stof, microben en huidcellen, vormen een aanzienlijk risico voor de integriteit van het product. Integriteitsproblemen van PBM's, zoals scheuren, gaten of een onjuiste pasvorm, kunnen ook leiden tot besmetting. Daarnaast kunnen onjuiste behandeling van materialen en onbeschermde oppervlakken deeltjes introduceren die de cleanroomnormen in gevaar brengen.
