Ke kontaminaci čistých prostor může přispívat několik faktorů. Špatné postupy při oblékání, jako je nesprávné oblékání nebo svlékání osobních ochranných prostředků, mohou do kontrolovaného prostředí vnést částice. Vzduchem přenášené kontaminanty, včetně prachu, mikrobů a kožních buněk, představují významné riziko pro integritu výrobku. Ke kontaminaci mohou vést také problémy s integritou osobních ochranných prostředků, například roztržení, propíchnutí nebo nesprávné nasazení. Kromě toho může nesprávná manipulace s materiály a nechráněné povrchy přinést částice, které ohrožují normy pro čisté prostory.