Do zanieczyszczenia pomieszczeń czystych może przyczynić się kilka czynników. Niewłaściwe praktyki w zakresie ubierania się, takie jak nieprawidłowe zakładanie lub zdejmowanie środków ochrony indywidualnej, mogą powodować przedostawanie się cząstek do kontrolowanych środowisk. Zanieczyszczenia unoszące się w powietrzu, w tym kurz, drobnoustroje i komórki naskórka, stanowią poważne zagrożenie dla integralności produktu. Problemy z integralnością ŚOI, takie jak rozdarcia, przebicia lub niewłaściwe dopasowanie, mogą również prowadzić do zanieczyszczenia. Ponadto niewłaściwe obchodzenie się z materiałami i niezabezpieczone powierzchnie mogą wprowadzać cząstki stałe, które naruszają standardy pomieszczeń czystych.